Zakonski zastupnik neprofitne organizacije koja vodi dvojno knjigovodstvo obvezan je za svaku poslovnu godinu provesti samoprocjenu učinkovitosti i djelotvornosti funkcioniranja sustava financijskog upravljanja i kontrola. U skladu sa čl. 5. Pravilnika samoprocjena se provodi  popunjavanjem Upitnika o funkcioniranju sustava financijskog upravljanja i kontrola, a Upitnik je sastavni dio Pravilnik o sustavu financijskog upravljanja i kontrola te izradi i izvršavanju financijskih planova neprofitnih organizacija. Na temelju pitanja iz Upitnika provodi se samoprocjena rada sustava kojoj je cilj potvrda da se sredstva koriste zakonito, namjenski i svrhovito te da sustav financijskog upravljanja i kontrola funkcionira učinkovito i djelotvorno. Zakonski zastupnik je, nakon popunjavanja Upitnika, dužan izvijestiti najviše tijelo neprofitne organizacije, odnosno tijelo koje je temeljem statuta neprofitne organizacije za to ovlašteno, o provedenoj samoprocjeni, što najviše tijelo neprofitne organizacije, odnosno tijelo koje je temeljem statuta neprofitne organizacije za to ovlašteno, prima na znanje.