Samoprocjena funkcioniranja sustava financijskog upravljanja i kontrola neprofitnih organizacija provodi se na temelju Zakona o financijskom poslovanju i računovodstvu neprofitnih organizacija (Nar. nov., br. 121/14. i 114/22.), te  Pravilnika o sustavu financijskog upravljanja i kontrola te izradi i izvršavanju financijskih planova neprofitnih organizacija (Nar. nov., br. 119/15.). Zakonski zastupnik neprofitne organizacije obvezan je za svaku poslovnu godinu provesti samoprocjenu učinkovitosti i djelotvornosti funkcioniranja sustava financijskog upravljanja i kontrola. Samoprocjena se provodi popunjavanjem Upitnika o funkcioniranju sustava financijskog upravljanja i kontrola koji sastavni je Pravilnika o sustavu financijskog upravljanja i kontrola te izradi i izvršavanju financijskih planova neprofitnih organizacija. Na temelju pitanja iz Upitnika provodi se samoprocjena rada sustava kojoj je cilj potvrda da se sredstva koriste zakonito, namjenski i svrhovito te da sustav financijskog upravljanja i kontrola funkcionira učinkovito i djelotvorno. Zakonski zastupnik je, nakon popunjavanja Upitnika, dužan izvijestiti najviše tijelo neprofitne organizacije, odnosno tijelo koje je temeljem statuta neprofitne organizacije za to ovlašteno, o provedenoj samoprocjeni, što najviše tijelo neprofitne organizacije, odnosno tijelo koje je temeljem statuta neprofitne organizacije za to ovlašteno, prima na znanje. Zakonski zastupnik neprofitne organizacije koja u godini za koju se provodi samoprocjena ostvaruje prihode u iznosu 3.000.000,00 kuna ili višem iznosu, sastavlja akcijski plan za poboljšanje sustava financijskog upravljanja i kontrola ako na sva pitanja iz Upitnika nije dan potvrdan odgovor. Akcijski plan sadrži pitanja na koja je dan negativan ili djelomično potvrdan odgovor, aktivnosti koje je potrebno poduzeti za poboljšanje sustava financijskog upravljanja i kontrola, a koje će dovesti do otklanjanja manjkavosti koje su utjecale na davanje negativnog ili djelomično potvrdnog odgovora te podatke o osobama odgovornim za poduzimanje tih aktivnosti. Samoprocjena odnosno popunjavanje Upitnika i izrada akcijskog plana za poslovnu godinu provode se najkasnije u roku od 30 dana od roka predviđenog za podnošenje godišnjih financijskih izvještaja za tu poslovnu godinu. Upitnik i akcijski plan ostaju kod neprofitne organizacije koja ih je dužna čuvati najmanje sedam godina od završetka godine na koju se Upitnik odnosi.