Prema čl. 90. st. 1. Zakona o PDV-u riječ je o neprofitnoj organizaciji odnosno malom poreznom obvezniku. Malim poreznim obveznikom smatra se pravna osoba sa sjedištem, stalnom poslovnom jedinicom, odnosno fizička osoba s prebivalištem ili uobičajenim boravištem u tuzemstvu, čija vrijednost isporuka dobara ili obavljenih usluga u prethodnoj ili tekućoj kalendarskoj godini nije bila veća od 300.000,00 kn.
U skladu sa čl. 90. st. 2 Zakona o PDV-u neprofitna organizacija kao mali porezni obveznik oslobođena je plaćanja PDV-a na isporuke dobara ili usluga, nema pravo iskazivati PDV na izlaznim računima i nema pravo na odbitak pretporeza. Ako neprofitna organizacija kao mali porezni obveznik obavlja određene transakcije unutar Europske unije (dalje: EU), potrebno je da zatraži PDV identifikacijski broj (dalje: PDV ID broj), a to je OIB poreznog obveznika s predznakom „HR“. No, to ne znači da je dodjelom PDV ID broja neprofitna organizacija kao mali porezni obveznik postala obveznik PDV-a.
Shodno navedenom, pojam poreznog obveznika s motrišta PDV-a potrebno je promatrati u širem smislu te je bitno razlikovati porezne obveznike koji su upisani u registar obveznika PDV- od onih koji su samo registrirati za potrebe PDV-a odnosno mali porezni obveznici kao što je u konkretnom slučaju naša neprofitna organizacija.
Prema odredbama PDV-a mali porezni obveznici trebaju u određenim situacijama preuzeti obvezu plaćanja PDV-a u transakcijama s poreznim obveznicima iz EU-a i trećih zemalja, a da pritom nemaju pravo na pretporez, nego imaju samo obvezu plaćanja PDV-a.
U skladu s čl. 4. st. 1. t. 4. Zakona o PDV-u uvoz dobara smatra se predmetom oporezivanja PDV-om i ta se odredba primjenjuje i na obveznika PDV-a i na maloga poreznog obveznika.
Uvozom dobara prema odredbama čl. 11. st. 1. Zakona o PDV-u, smatra se svaki unos dobara u EU iz treće zemlje ili trećeg područja koja nisu u slobodnom prometu na području EU-a, u skladu s carinskim propisima.
Pri uvozu dobara poreznu osnovicu u skladu sa čl. 35. st. 1. Zakona o PDV-u, čini carinska vrijednost utvrđena prema carinskim propisima. Oporezivi događaj i obveza obračuna PDV-a pri uvozu dobara, nastaje u trenutku uvoza dobara. Obračun PDV-a pri uvozu dobara u RH u nadležnosti je Carinske uprave koja je zadužena da provodi carinski postupak zajedno s obračunom i naplatom carinskog duga. Sam postupak obračuna PDV-a provodi se prema propisima o naplati carinskog duga, a carinarnica izdaje pisani obračun kojim u konkretnom slučaju malog poreznog obveznika (uvoznika) odnosno neprofitnu organizaciju tereti za pripadajuću svotu carine i PDV-a.
Neprofitna organizacija kao mali porezni obveznik NE može odbiti pretporez pri uvozu dobara u razdoblju oporezivanja u kojem je primila jedinstvenu carinsku deklaraciju u kojoj je navedena kao primatelj ili uvoznik dobara te u kojoj je iskazan iznos PDV-a pa je obvezna navedeni iznos PDV-a platiti.
PDV pri uvozu dobara neprofitna organizacija kao mali porezni obveznik obvezna je  uplatiti na račun državnog proračuna u roku od 10 dana, a iznimno uz odobrenje u roku od 30 dana u skladu sa carinskim propisima.